Оконные менеджеры Linux используются отдельно от какой-либо среды рабочего стола, но зачастую в них включены элементы, схожие с элементами сред рабочего стола.
Вся настройка Fluxbox сводится к настройке текстовых файлов, находящихся в каталоге ~/.fluxbox, образующемся в домашнем каталоге пользователя при первом запуске менеджера.
Оконный менеджер Enlightenment Linux — мощный, лёгкий, гибкий, имеющий очень красивый интерфейс. Он один из наиболее насыщенных графикой оконных менеджеров.
Window Maker — популярный оконный менеджер, изначально разработанный для обеспечения интеграционной поддержки среды рабочего стола GNUstep, хотя он может работать автономно.