Для того, чтобы удалить подменю Системные параметры (System Settings) из меню Приложения (Applications) отредактируйте файл /etc/xdg/menus/applications.menu и добавьте следующий блок перед последним тегом </Menu> в файле:
...
<Menu>
<Name>System Settings</Name>
<Deleted/>
</Menu>
</Menu> <!-- End Applications -->
Другие подменю из меню Приложения (Applications) могут быть удалены аналогичным образом. Заметим, что имя подменю может быть определено из файлов в каталоге /usr/share/desktop-directories/.