Для того чтобы удалить всё подменю Системные параметры (System Settings) для пользователя используйте элемент <Deleted/> в пользовательском файле $HOME/.config/menus/applications.menu, как приведено ниже:
<!DOCTYPE Menu PUBLIC "-//freedesktop//DTD Menu 1.0//EN"
"http://www.freedesktop.org/standards/menu-spec/1.0/menu.dtd">
<!-- File created by desktop-file-utils version 0.8 -->
<Menu>
<Name>Applications</Name>
<MergeFile>/etc/xdg/menus/applications.menu</MergeFile>
<!-- Removes the System Settings submenu from the Applications menu-->
<Menu>
<Name>System Settings</Name>
<Deleted/>
</Menu>
<!-- END of System Settings removal content -->
</Menu>Другие подменю из меню Приложения (Applications) могут быть удалены аналогичным образом. Заметим, что имя подменю может быть определено из файлов в каталоге /usr/share/desktop-directories/.