Если вам удобнее работать в Терминале, то вы можете использовать apt (Advanced Packaging Tool) для установки или удаления программ (необходимы права администратора).
Для обновления локального списка пакетов наберите в Терминале:
sudo apt-get update
Для установки всех существующих обновлений:
sudo apt-get upgrade
Для установки пакета:
sudo apt-get install имя_пакета
Для удаления пакета:
sudo apt-get remove package
Для получения списка других команд и опций apt:
apt-get help
Для получения большей информации смотрите документацию по Debian apt.