Для удаления файлов используется команда rm. При добавлении ключа -r эта команда удалит каталог (директорию) вместе со всем его содержимым. Например, следующая последовательность команд удаляет файл с именем file и директорию catalog вместе со всем его содержимым:
rm file rm -r catalog
Но не забывайте, что удалять вы можете только свои файлы и директории, и даже это следует делать очень осторожно, потому что удаленный файл вернуть нельзя!
Ни в коем случае не удаляйте файлы, имена которые начинаются с точки (кроме тех, назначение которых вам заведомо известно). В большинстве случаев эти файлы необходимы для корректной работы пользователя, это "служебные" файлы.